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杰克·卡弗退役后来到了南太平洋地区进行租船业务 ，他被瓦莱丽·康斯坦丁雇佣，偷偷前往一个在密克罗尼西亚地区未知小岛。在瓦莱丽带着她自己的喷气式滑水车离开后，杰克的船被一个雇佣兵发射火箭弹炸得粉碎。杰克设法逃走但搁浅在离家数千英里外的地方。他的朋友迷失在丛林深处，他必须自己找到回家的道路。雇佣军的指挥官，上校理查德·克洛命令他的部下寻找杰克，因为没找到他的尸体。
在一个自称哈兰·多伊尔的神秘男子的帮助下，杰克在群岛的某处与雇佣军战斗的同时开始寻找瓦莱丽，搜索搁浅日本的航空母舰，破坏雇佣军营地的卫星通信和弹药仓库。
通过接触Trigens(一种转基因灵长类动物)和多伊尔提供的信息，杰克很快发现，岛内的一个部分涉及转基因实验。随着游戏进行，明显的证据表明Trigens变成了难以处理的大问题，它开始冲破安全防线并杀害警卫和工人。此外，该实验不仅限于非人类的灵长类动物，也涉及到人类的变异，为了创建终极战士。
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